Depois de muita pesquisa de como adcionar legendas em videos no formato Matroska (mkv), descobrir esse excelente programa no Linux, mkvmerge. Existe uma versão para Windwos, mas quem se importa! 😛

Siga as instruções para instalar no Ubuntu. Mais informações de outras plataformas http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/downloads.html

Instalando via terminal

1- Faça a importação da chave PGP

    $ wget -O - http://www.bunkus.org/gpg-pub-moritzbunkus.txt | sudo apt-key add -.

2- Adcione no /etc/apt/sources.list conforme sua versão:

3- Agora simplesmente execute o update e install no apt

     $ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install mkvtoolnix mkvtoolnix-gui

4- Abra o programa e adcione o arquivo mkv

5- Repita a operação e selecione o arquivo da legenda. Na aba Language selecione o idioma da legenda.

5- Na Aba Format Specific Options

5.2- Selecione o chatset para que os acentos funcionem corretamente (no caso de uma legenda em português)

5.3- Selecione o nome e o path aonde o arquivo final será gravado

5.4- Click em Start muxing para iniciar o processo.

6- O programa leve apenas alguns minutos para finalizar o processo.

Pronto!! Agora você pode ver seu filme com legenda.

Enjoy!!